Hamatora narra la historia de Nice y Murasaki forman una agencia de detectives llamada "Hamatora" en Yokohama en 2014, pero su "oficina" es simplemente una mesa en un Café donde ellos y sus amigos esperan a a sus clientes .
Un viejo conocido de ellos, un policía llamado Art, les contrata para un caso de asesinatos en serie que está siendo investigando. Niza y Murasaki descubren que las víctimas de asesinato son los "Minimum Holders". Como Minimum Holders, Nice y Murasaki se ven implicados dentro de este caso, les guste o no.